本次修订《香港国安法》是为了处理非国安法指定的四类罪行，但存在国安危害的违法行为，赋权行政长官可以通过「特首证明书机制」认定刑事案件涉及国安性质，使其适用于相关国安审讯程序。有关修订细化了司法程序等事宜，为国安法的准确实施带来更大确定性。如果一宗案件是危害国家安全犯罪案件，就必须适用香港国安法和《国安条例》等法例中适用于此类罪行的程序和规定，这是香港国安法本身的明确规定，行政长官发出证明书没有改变法庭程序。
行政长官证明书的有关规定于普通法原则完全一致。司法机关尊重行政机关对于国家安全的评估与判断，是早已确立的普通法原则。在香港国安法及《国安条例》的机制下，行政长官证明书只是用以界定某罪行属危害国家安全的罪行，但并不取代法院处理诉讼中的其他争议，也不是代替法庭判案。
修订后的相关规定只适用于极少数违反国安罪行的人，行政长官证明书不会损害被告人依法享有的各项权利和自由。不论是国安案件或者是其他类别的案件，所有被告人依法享有的辩护权和其他诉讼权利一如既往受到充分保障。
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